乳児期は排便のリズムが不安定で便秘になる事は時々有ります。
便秘になると便は硬くなり、その結果排便時にお腹や肛門が痛くなることが有ります。場合によっては排便の際に肛門が切れてしまうこともあります。
今回は排便が苦痛で泣くほど痛いという状況ですので、ますます排便することを嫌がり、その結果更に便が硬くなってしまうという悪循環に陥っていると考えられます。
これを改善するには一度宿便をすっきり出し切って、便を溜めないようにすることが必要です。
そのためにはまず浣腸や摘便(便を掻き出すことです)で宿便を無くすこと、そしてその後弱い下剤などを一定期間使用し、排便の習慣をつけることが必要だと思います。
下剤の他に綿棒で肛門を刺激したり腹部をマッサージすることも有効だと思われます。このようにして宿便を出してやり、排便の習慣が付くことによって便は柔らかくなり痛みを伴わずに排便できるようになると思われます。
参考
http://www.kinutaclub.com/child/1038.html